新冠病毒的出现吸引了全球不同的科学家参与研究，得出各种观点和理论，但有时候，由于研究结果太早向媒体发表，出现了一些研究后来被推翻的情况。
例如早期，有科学家比对病毒与几种动物的少量基因，推断蛇可能是病毒的宿主；亦有科学家认为，新冠病毒突刺蛋白有几个与艾滋病毒（HIV-1）相似的插入片段，推论了艾滋病与新冠病毒的关连性。这两项研究很快便被其他科学家提供证据推翻。
随着时间推进，专家们得到病毒更完整的基因排序，能够作出更全面的比对研究。科学界目前主流认为，病毒与蝙蝠和穿山甲有关。
武汉病毒研究所新发传染病研究中心主任石正丽团队最先发现新冠病毒与蝙蝠存在关连，他们在2月初刊登在权威《自然》期刊的研究指出，新冠病毒与云南蝙蝠病毒株（RaTG13）的基因排序有96%的相似性，相信蝙蝠是新冠病毒的天然宿主，不过两种病毒的突刺S蛋白受体并不一样，当时未能完全知道病毒的演变过程。
这份研究被广泛引用，令国际专家们倾向病毒是由动物身上逐步演化到人类身上。
中国华南农业大学2月7日宣布，发现穿山甲很可能是新冠病毒的中间宿主。他们发表的研究显示，团队利用广东省森林公安局和海关在2019年3月至12月截获的25只马来亚穿山甲中提取样本，发现其冠状病毒与新冠病毒的基因相似，特别是其S蛋白受体，“近乎一样”，推断穿山甲可能是中间宿主，其冠状病毒可能与云南蝙蝠病毒株（RaTG13）重组而有所演化。
另一个由广西医科大学丶香港大学等不同单位组成的团队，则从广西当局在2017年8月至2018年1月截获的马来亚穿山甲中提取样本，发现新冠病毒与这些穿山甲身上的冠状病毒有类似相似性。研究同样指出，穿山甲可能是新型冠状病毒的潜在宿主，文章认为，不应该在湿货市场出售穿山甲，避免病毒从动物传播到人类身上。这份研究也在3月26日刊登在《自然》期刊。
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