马来西亚华人的移民史可追溯至汉代，唐、宋时中国和马来群岛已有频密的商业活动和文化交流，元代时已有中国人在当地定居的明确记载。

到明代，郑和下西洋时曾多次在马六甲（明史称为满剌加）停留，后来将马六甲、巨港（今属印尼）、泗水（今属印尼）等营建成其船队的大本营。至今马六甲仍然留有大量与郑和有关的遗迹。一些华人与当地人通婚，开始在马六甲定居，渐渐受马来文化影响，繁衍开来。

自此，华人开始在马六甲形成聚落定居，成为马六甲的一个重要民族。明朝衰弱后，这些通婚华人的后裔由于交通不便、海禁等因素，开始与祖国关系疏远，与本土文化相互交融，逐渐形成一支新的民族——峇峇娘惹（Baba-Nyonya）。峇峇娘惹的母语也由方言（主要是闽南话）慢慢转变成夹杂方言以及马来语的峇峇娘惹语（Peranakan Hokkien），但依然保留了华人的风俗仪式。

而华人大量移民今马来西亚各地则是从第二次鸦片战争后开始，当时清朝战败，中英签署《北京条约》，清廷容许外国商人招聘汉人出洋工作，充当廉价劳工（苦力）。当时英国殖民者需要大量的人力资源以开发马来亚半岛，许多华工（或称为苦力）被输送到马来亚半岛成为矿工、种植工人等。在蒸汽船使用后，华侨南来的数量更是急剧上升。此时到来的华人移民人数已经大幅度超越早期的娘惹峇峇，所以被早期定居的人称为“新客”。这时期马来半岛华人的男女比例严重失衡，这是因为劳工们的侨乡意识浓厚，多不打算扶老携幼来到马来亚定居，而是希望赚够钱回到老家故乡。

1929年，全球开始经济大萧条。此时华侨妇女开始大量移民马来亚，男女人口比例结构趋向平衡。二战后世界进入冷战时代，英属马来亚正值马共叛乱，移民条例收紧，华人抵马的移民潮逐渐减少甚至停止。此后，华人参与了马来亚独立运动与马来西亚的建国运动，并在当地繁衍开来。

随著马来西亚建国独尊土著（马来语：Bumiputera）的政策，华人在社会上受到许多不平等待遇。由于华人生育率较低，预估2040年马来西亚华人比例将下滑到低于总人口20%，不利于华人的参与权及决策权。