苜蓿苗期生长缓慢，与杂草相比竞争能力较弱，因此很容易受到杂草的侵扰危害，轻者降低饲草产量和质量，重者甚至导致建植失败而毁种。

苜蓿田的杂草种类很多，不同地区杂草的优势种群有一定的差异，而且随着上茬作物种类的不同而变化，如上茬为小麦，则荠菜、播娘蒿、葎草、猪毛草等麦田常见杂草危害严重；上茬为玉米，则刺儿菜、铁苋菜、反枝苋、马齿苋、稗草、狗尾草、马唐发生严重。在华北地区，苜蓿地杂草的主要危害时期是春、夏、秋三个季节，即每年的4-8月份。在播种当年，杂草的重发期在苜蓿幼苗期，尤其是春播或夏播；建植一年以上的苜蓿地，杂草的度较建植当年的明显降低，但杂草仍然威胁着苜蓿的生长，特别是在春末夏初头茬苜蓿收获之后，此时水分和温度都有利于杂草的生长，很容易形成草害。